بما أن الأنزيمات عبارة عن مواد بروتينية فهي تحتوي على مجاميع كربوكسيلية (COOH) حمضية ومجاميع أمينية (NH₂) قاعدية ، لذا فان الأنزيمات تتأثر بتغير الرقم الهيدروجيني وكذلك الحال بالنسبة للموقع الفعال Active site .
ولكل أنزيم رقم هيدروجيني يعمل عنده بأقصى فعالية ويسمى الرقم الهيدروجيني الأمثل Optimal pH value  ، وتكون قيمتها مقاربة للرقم الهيدروجيني للنسيج الذي يحوي ذلك الأنزيم . وتتغير فعالية الأنزيم فوق أو تحت الرقم الهيدروجيني الأمثل ، وقد يؤدي التغير الكبير في قيمة الرقم الهيدروجيني الى مسخ البروتين Denaturation .

 مثال (1) :
أنزيم الببسين Pepsin الذي يفرز داخل المعدة له pH مثلى قيمتها حوالى (i i2.0 ) وقيمة الـpH   في المعدة هي ( i2i -i3 )  
      
 مثال (2) :
أنزيم  α ــ أميليز   Amylase  ــ α الذي يفرز داخل البنكرياس ويصب في الأثني عشر له pH مثلى قيمتها حوالى ( i7.0i ) ، وقيمة الـpH  المعوية هي (i 6 -7i )  .     
  
 اختبر نفسك .......
إذا كانت قيمة pH المثلى لأنزيم التريبسين (ii7.7 ) ، فهل يمكن لهذا الأنزيم أن يعمل داخل المعدة ؟
الجواب : لا يمكن .